近代中国思想史这样一种隐伏在一些看似共相的表面现象之下的“多歧性”特征，正是本书特别着力之处。
全书分七章，分别论述章太炎的生平、思想背景、与清末今古文之争、民族思想、社会政治思想、对儒学传统之冲击及影响、结论，并附录一短论：“‘群’与伦理结构的破坏”。与其他许多近代思想史研究所不同的是，全书的分析实奠基于作者对清季今古文经学发展演变之深刻把握上。在不忽略其他因素的情形下，突出经学之演变、特别是今古文经学之争对近代思想史的重要影响，是本书又一个显著特征。
章太炎的学问渊源博杂，且一生思想数变，作者对其思想脉络进行细致的梳理，将影响章氏最多的主要思想资源归纳为乾嘉朴学、晚清诸子学、严复转译的西学以及佛学。这一梳理分析不是静止的，而是动态的。他一方面注意到时代社会外在语境的影响，另一方面更能进入章太炎各项思想渊源的内在理路之中去把握其发展衍化。比如章氏老师俞樾主持的诂经精舍，虽是朴学的大本营，作者却观察到其已兼容今文与古文两家，同时更兼治经学与子学这样一些新趋向。