阉党为了排除异己,进一步加强了锦衣卫、东厂等特务组织。魏忠贤自己掌管东厂,他的干儿子田尔耕等掌管锦衣卫。他们把东林党人的名字编成《东林点将录》《同志录》等黑名单,根据这个名单,有计划地对东林党人进行迫害和屠杀。
天启四年(1624),东林党的著名首领左副都御史杨涟向皇帝上书弹劾魏忠贤二十四大罪。不久,杨涟、左光斗、周顺昌、黄尊素等东林党领袖先后被捕下狱,受酷刑死去。其他东林党人,有的被杀害,有的被放逐,有的被监禁。许多非东林党人,但反对阉党的人士,也都遭到排斥、免职和杀戮。魏忠贤又下令毁掉全国一切书院,企图以剿灭东林党的名义来摧残所有反对阉党的人士。
魏忠贤等阉党迫害东林党后,气焰更高,不仅专制朝政,而且诬杀守边大将,冒图军功。魏忠贤的干儿义孙、远近亲戚,都做了大官。他自称为“上公”,阉党官僚称他为“九千岁”,有的竟称他为“九千九百岁”,向他献媚,争先恐后给他建立生祠,供他的像。建立一个生祠,要用掉老百姓几万两、几十万两白银。地方官每年春秋要到魏忠贤生祠祭祀,凡是不建祠或入祠不拜的都要被杀。