随着疫情暴发，流行病学家将被派去确定病例的原因。如果生物制剂是一种相当常见的细菌，比如肉毒杆菌，那当地医院的实验室应该能够识别疫情的源头。
但是，如果是当地医生不常见到的微生物，如炭疽热、Q热、埃博拉、天花或鼠疫出现了，当地医疗机构可能就无法诊断。这样便失去宝贵救治时间，人们就会死亡，疾病可能蔓延，当地官员只能傻傻等待亚特兰大疾控中心诊断实验室的消息。如果有任何真正危险的生物被怀疑是罪魁祸首，如天花，那所有疾控中心的分析都将在特殊病原体BL-4实验室进行。
1994年夏天，马塞尔·莱顿博士开始了她作为纽约市传染病控制主管的工作，她在1998年对同事的一次讲话中说道：“顺便说一句，你们的部分工作应是准备好迎接生物战的到来。”105
莱顿接着说：“国防部称，即使有能力使60多名特工武器化也是很大的挑战，因为他们当中许多人治疗物资非常有限，以及还得进行样本分析和尸检。所以恐慌和恐怖是意料中的，即使是卫生服务工作者本人，也是如此。”
按照纽约市市长鲁道夫·朱利安尼的命令，像莱顿这样的市政雇员是禁止公开讨论该市应对计划细节的。应急管理办公室主任杰瑞·豪尔谈到这个话题时，语气总是干巴巴又死气沉沉的。令人担忧的是，不怀好意者总会在恐怖袭击中加以利用人们的恐惧和弱点。而莱顿在总结该市情况时说：“我们大多数人很关注目前的公共卫生系统是否有应对能力。事实是，没有。”